Hybridization REF	chrom	loc.start	loc.end	num.mark	num.informative	seg.mean	pval	l.lcl	l.ucl	r.pval	r.lcl	r.ucl
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	554287	16698906	5780	5360	-0.0015	NA	NA	NA	1.32826620878001e-33	16666760	16814050
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	16704522	17127039	27	25	-0.6674	1.32826620878001e-33	16666760	16814050	4.15123078590773e-31	17114337	17154037
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	17148592	24391166	3027	2788	-0.0131	4.15123078590773e-31	17114337	17154037	3.81206474151829e-152	24391166	24391166
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	24394076	24395691	2	2	-5.0425	3.81206474151829e-152	24391166	24391166	3.12478771604114e-154	24395691	24395691
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	24397212	34739490	4040	3729	-5e-04	3.12478771604114e-154	24395691	24395691	3.21060198784943e-11	34739490	34739490
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	34744470	34758017	2	2	-1.3954	3.21060198784943e-11	34739490	34739490	7.83663059516539e-11	34758017	34758017
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	34761645	72537426	15016	13913	0	7.83663059516539e-11	34758017	34758017	0	72537426	72537426
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72539143	72574479	13	13	-4.0701	0	72537426	72537426	0	72574479	72574479
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72579311	147313991	16267	15062	0.0041	0	72574479	72574479	6.55002932304857e-28	147306304	147329819
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	147315217	147510532	32	30	0.572	6.55002932304857e-28	147306304	147329819	3.32008791590444e-26	147497268	148081741
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	147644831	150823073	1259	1167	0.0093	3.32008791590444e-26	147497268	148081741	5.64792964398132e-107	150823073	150836481
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	150836481	150851439	10	8	2.2005	5.64792964398132e-107	150823073	150836481	2.60631045954799e-109	150847304	150851439
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	150852858	151933142	449	420	-0.0196	2.60631045954799e-109	150847304	150851439	5.47203988693669e-08	151925609	151933142
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	151936219	151947494	8	8	0.5673	5.47203988693669e-08	151925609	151933142	1.34335066592792e-07	151947494	151956812
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	151956473	157133150	2304	2147	9e-04	1.34335066592792e-07	151947494	151956812	8.91678867274319e-13	157133150	157133150
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	157134796	157136342	2	2	1.45	8.91678867274319e-13	157133150	157133150	1.30081519476298e-11	157136342	157136342
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	157138568	246812425	32790	30425	-7e-04	1.30081519476298e-11	157136342	157136342	7.11217666824495e-13	246753652	246822838
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	246816703	246816703	1	0	NA	7.11217666824495e-13	246753652	246822838	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	246820980	246860551	20	19	0.3859	NA	NA	NA	3.69670454569202e-07	246857496	246906110
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	246862029	247186514	99	92	0.0269	3.69670454569202e-07	246857496	246906110	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	7019	34543992	11522	10630	-0.0049	NA	NA	NA	7.41559238817865e-16	34539740	34551222
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	34551222	34589997	18	15	-0.6138	7.41559238817865e-16	34539740	34551222	4.09223840386507e-16	34583814	34595734
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	34591681	41091579	2875	2683	-0.0056	4.09223840386507e-16	34583814	34595734	1.41850369363712e-08	41087172	41091579
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	41092989	41101640	5	4	-0.8745	1.41850369363712e-08	41087172	41091579	5.87671052147883e-09	41101640	41108548
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	41105253	41105253	1	0	NA	5.87671052147883e-09	41101640	41108548	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	41108548	52600588	4311	3960	0.003	NA	NA	NA	5.88717380822453e-10	52583578	52604016
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	52604016	52635695	5	5	0.8286	5.88717380822453e-10	52583578	52604016	2.32790063706607e-09	52622353	52642716
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	52639605	146571330	26337	24352	-8e-04	2.32790063706607e-09	52622353	52642716	0	146571330	146571330
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	146582195	146592775	4	4	-5.4243	0	146571330	146571330	0	146592775	146592775
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	146597405	242501239	32682	30291	0.0058	0	146592775	146592775	5.39316160219098e-94	242496751	242505261
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	242505261	242682950	65	63	-0.7067	5.39316160219098e-94	242496751	242505261	0.00503567167394761	242656260	242682950
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	242686945	242689978	2	2	-0.0683	0.00503567167394761	242656260	242682950	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	37075	37953375	12681	11717	-0.001	NA	NA	NA	7.7398005171869e-17	37951628	37953375
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	37954819	37961110	6	6	-0.9986	7.7398005171869e-17	37951628	37953375	1.62950062866713e-17	37961110	37961110
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	37963014	75479859	14189	13123	-0.0047	1.62950062866713e-17	37961110	37961110	8.57613734747191e-09	75428991	75791158
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	75783255	76000715	19	19	-0.4092	8.57613734747191e-09	75428991	75791158	8.17096677984195e-09	75870144	76039417
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	76006248	163992903	26593	24627	0.0093	8.17096677984195e-09	75870144	76039417	3.98637722718904e-55	163989367	164012645
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	163997228	164112873	29	26	0.8683	3.98637722718904e-55	163989367	164012645	2.01625982242650e-53	164100804	164115417
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	164115417	174761036	3367	3094	0.0201	2.0162598224265e-53	164100804	164115417	2.01192582892506e-08	174759427	174761036
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	174762544	174765890	3	2	1.2422	2.01192582892506e-08	174759427	174761036	1.74017236029749e-08	174765890	174767241
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	174767241	194354505	6759	6241	0.0042	1.74017236029749e-08	174765890	174767241	0	194354505	194354505
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194358882	194366950	6	6	-4.5701	0	194354505	194354505	0	194366950	194366950
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194368145	196822133	996	909	-0.0163	0	194366950	194366950	2.61562737698950e-22	196809098	196905767
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	196835413	196961238	31	29	-0.5514	2.6156273769895e-22	196809098	196905767	2.7814419100856e-26	196952514	196966631
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	196964180	199329592	953	876	0.0046	2.7814419100856e-26	196952514	196966631	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	34020	173224400	49640	45973	0.0121	NA	NA	NA	8.91248737347663e-90	173224400	173224400
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	173226562	173228860	2	2	-3.8917	8.91248737347663e-90	173224400	173224400	1.65322138366965e-79	173228860	173228860
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	173229983	173660684	193	182	0.0417	1.65322138366965e-79	173228860	173228860	2.41145823682042e-07	173655477	173660684
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	173663054	173666072	2	2	1.2515	2.41145823682042e-07	173655477	173660684	6.90204951177179e-09	173666072	173666072
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	173672958	190706272	5212	4837	0.0114	6.90204951177179e-09	173666072	173666072	2.18578732343755e-21	190670997	190749363
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	190708316	190921041	67	63	-0.327	2.18578732343755e-21	190670997	190749363	1.62252285873138e-08	190899545	190958901
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	190924564	191153613	45	40	0.038	1.62252285873138e-08	190899545	190958901	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	79142	178040439	52736	48781	0.0015	NA	NA	NA	1.73435039387969e-191	178040439	178040439
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	178044111	178045608	2	2	-5.6365	1.73435039387969e-191	178040439	178040439	3.38443441559177e-206	178045608	178045608
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	178047480	180644810	1028	968	-0.0161	3.38443441559177e-206	178045608	178045608	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	99130	240119	56	53	0.0217	NA	NA	NA	8.90253086700377e-06	224667	254509
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	241674	307231	36	34	-0.2938	8.90253086700377e-06	224667	254509	6.3604048562473e-08	287630	332608
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	309211	26801068	9273	8576	-0.0042	6.3604048562473e-08	287630	332608	1.25302979812481e-08	26797255	26801068
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	26811016	26861184	5	5	-0.7879	1.25302979812481e-08	26797255	26801068	1.86159381989246e-08	26861184	26865624
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	26863540	31390982	1815	1683	-0.0024	1.86159381989246e-08	26861184	26865624	1.91368636236236e-11	31390982	31390982
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	31393624	31418006	3	2	1.4324	1.91368636236236e-11	31390982	31390982	9.25966297915672e-14	31418006	31418006
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	31425113	32564884	491	450	0.0047	9.25966297915672e-14	31418006	31418006	3.0082724553595e-93	32564884	32593151
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32567462	32600962	7	6	-2.576	3.0082724553595e-93	32564884	32593151	1.21756090571395e-115	32593151	32600962
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32605300	54035000	8303	7681	-0.0065	1.21756090571395e-115	32593151	32600962	1.38121588102398e-112	54035000	54035000
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	54037199	54039814	2	2	-4.3454	1.38121588102398e-112	54035000	54035000	5.82343766068418e-108	54039814	54039814
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	54042734	54042734	1	0	NA	5.82343766068418e-108	54039814	54039814	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	54045472	65767409	2398	2229	0.0105	NA	NA	NA	1.00902802874773e-07	65765501	65767409
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	65769146	65771532	2	2	-1.191	1.00902802874773e-07	65765501	65767409	2.22311421290813e-08	65771532	65771532
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	65778663	79011979	4030	3750	0.0242	2.22311421290813e-08	65771532	65771532	8.50100875303656e-09	78990768	79028813
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	79015901	79091850	15	14	0.4949	8.50100875303656e-09	78990768	79028813	4.40396769204955e-09	79079988	79119694
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	79095415	103841482	6762	6253	0.0116	4.40396769204955e-09	79079988	79119694	5.06254104566324e-80	103841482	103841482
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	103845083	103860573	3	3	-2.9901	5.06254104566324e-80	103841482	103841482	1.57612882840849e-81	103860573	103860573
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	103868154	103868154	1	0	NA	1.57612882840849e-81	103860573	103860573	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	103873584	165643653	21106	19545	0.0064	NA	NA	NA	1.82152841701081e-62	165643653	165643653
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165645537	165648188	2	0	NA	1.82152841701081e-62	165643653	165643653	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165649379	165650610	2	2	-3.2111	NA	NA	NA	9.20766958090253e-60	165650610	165650610
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165653315	170753106	1804	1676	-0.0174	9.20766958090253e-60	165650610	165650610	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	136373	16135701	5388	4945	0.0055	NA	NA	NA	9.39600943123235e-21	16135701	16135701
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	16138579	16140018	2	2	-1.8748	9.39600943123235e-21	16135701	16135701	2.56862624155613e-20	16140018	16140018
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	16141776	100164752	25672	23682	0.0021	2.56862624155613e-20	16140018	16140018	6.2568542739645e-38	100164752	100164752
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	100166257	100174991	4	3	-2.0691	6.2568542739645e-38	100164752	100164752	3.61119341161993e-36	100174991	100174991
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	100178968	109967918	4201	3887	0.0203	3.61119341161993e-36	100174991	100174991	3.17226380661694e-36	109967918	109967918
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	109970524	109974402	2	2	-2.5501	3.17226380661694e-36	109967918	109967918	7.58654954501962e-38	109974402	109974402
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	109976628	125831554	7169	6617	0.0202	7.58654954501962e-38	109974402	109974402	3.39094127285649e-145	125831554	125831554
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	125833251	125837524	3	3	-4.0541	3.39094127285649e-145	125831554	125831554	1.64532594997555e-144	125837524	125837524
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	125839386	133433384	3654	3364	0	1.64532594997555e-144	125837524	125837524	4.69021674963585e-14	133432281	133433384
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	133436265	133448277	8	8	0.7884	4.69021674963585e-14	133432281	133433384	1.7810519547745e-13	133448277	133455682
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	133453811	158821263	10592	9836	-0.0028	1.7810519547745e-13	133448277	133455682	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	151472	581533	119	110	-0.0521	NA	NA	NA	4.08102759382453e-29	581533	581533
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	585010	588865	2	2	-2.2374	4.08102759382453e-29	581533	581533	2.04145356076854e-28	588865	588865
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	591112	594169	2	0	NA	2.04145356076854e-28	588865	588865	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	595784	7226901	2270	2114	-0.0155	NA	NA	NA	3.42645761970814e-15	7156900	7322035
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	7260442	7824059	8	7	-0.8927	3.42645761970814e-15	7156900	7322035	1.60944437246179e-15	7709141	8137794
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	8137794	32797545	8792	8153	-0.0067	1.60944437246179e-15	7709141	8137794	1.99754959351879e-57	32797545	32797545
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	32800775	32808049	3	3	-2.5668	1.99754959351879e-57	32797545	32797545	8.98400057934176e-58	32808049	32808049
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	32812909	39350798	1878	1752	0.006	8.98400057934176e-58	32808049	32808049	0	39350798	39352361
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	39352361	39505256	59	52	-4.1898	0	39350798	39352361	0	39504332	39505256
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	39508035	40888127	440	403	0.0521	0	39504332	39505256	1.29840158756603e-183	40888127	40888127
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	40892587	40892587	1	0	NA	1.29840158756603e-183	40888127	40888127	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	40895468	40897469	2	2	-5.4945	NA	NA	NA	1.76951411977608e-181	40897469	40897469
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	40904488	146264846	30990	28660	0.0074	1.76951411977608e-181	40897469	40897469	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	189055	70926188	13072	12074	0.008	NA	NA	NA	2.11280607950106e-56	70926188	70926188
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	70928471	70930528	2	2	-3.0232	2.11280607950106e-56	70926188	70926188	6.10635491368193e-55	70930528	70930528
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	70935055	137352394	23765	22031	-0.0042	6.10635491368193e-55	70930528	70930528	2.71900627266257e-26	137352394	137352394
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	137354256	137356880	2	2	2.1022	2.71900627266257e-26	137352394	137352394	8.45050853254354e-26	137356880	137356880
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	137359947	140145683	1103	1009	-0.0141	8.45050853254354e-26	137356880	137356880	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	126361	27038538	9729	9014	-0.0085	NA	NA	NA	1.22211505060410e-12	27038538	27038538
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	27040181	27041812	2	2	1.4751	1.2221150506041e-12	27038538	27038538	3.92692034402355e-12	27041812	27041812
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	27043861	70949263	11944	11084	-0.0022	3.92692034402355e-12	27041812	27041812	3.19574317120564e-10	70949263	70949263
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	70952973	70960102	3	3	-1.1154	3.19574317120564e-10	70949263	70949263	2.08851150438473e-10	70960102	70960102
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	70960187	70960187	1	0	NA	2.08851150438473e-10	70960102	70960102	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	70964344	77917893	2913	2702	0.0028	NA	NA	NA	2.15130552969324e-91	77917893	77917893
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	77926390	77928669	2	2	-3.9607	2.15130552969324e-91	77917893	77917893	9.727082906611e-93	77928669	77928669
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	77928738	124328915	16335	15087	-0.0038	9.727082906611e-93	77928669	77928669	1.28560413970334e-08	124327243	124328915
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	124337128	124340356	3	3	-1.0305	1.28560413970334e-08	124327243	124328915	2.92724569208542e-08	124340356	124368725
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	124368725	135285645	3876	3567	-0.0337	2.92724569208542e-08	124340356	124368725	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	187649	55118214	16905	15665	0.0022	NA	NA	NA	3.06551588842963e-34	55097753	55124730
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	55123719	55197848	33	31	0.6247	3.06551588842963e-34	55097753	55124730	3.37754027968143e-35	55194990	55203706
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	55200744	134450318	28366	26240	-5e-04	3.37754027968143e-35	55194990	55203706	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	33854	9523923	3742	3466	-0.0042	NA	NA	NA	7.50714850624032e-192	9523923	9523923
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	9528590	9554149	5	5	-3.6101	7.50714850624032e-192	9523923	9523923	9.9566170592229e-18	9554149	9554149
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	9555181	9599999	8	8	-0.5686	9.9566170592229e-18	9554149	9554149	1.0689645184705e-06	9563866	9607363
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	9604633	11116883	574	535	-0.0137	1.0689645184705e-06	9563866	9607363	2.15174925526947e-17	11112600	11121204
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11121204	11140421	7	7	0.9401	2.15174925526947e-17	11112600	11121204	2.45679486502116e-13	11128557	11143592
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11143592	11395862	70	65	0.0313	2.45679486502116e-13	11128557	11143592	1.10089096009937e-23	11389830	11395862
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11419189	11435643	6	6	-1.2233	1.10089096009937e-23	11389830	11395862	2.69609100301932e-26	11435643	11435643
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11440927	46992235	11071	10229	0.0105	2.69609100301932e-26	11435643	11435643	3.85234655834091e-12	46992235	46992235
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	46995053	46996769	2	2	-1.465	3.85234655834091e-12	46992235	46992235	4.1896470537197e-12	46996769	46996769
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	46998876	46998876	1	0	NA	4.1896470537197e-12	46996769	46996769	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	46999450	132289090	29675	27445	0.0047	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	18194544	37953582	7338	6825	0.0031	NA	NA	NA	2.20417380023812e-60	37953582	37953582
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	37955475	37957844	2	2	-3.2064	2.20417380023812e-60	37953582	37953582	1.69060678782231e-62	37957844	37957844
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	37959274	49964838	4879	4482	0.0035	1.69060678782231e-62	37957844	37957844	6.00400575700984e-61	49964838	49964838
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	49968215	49971732	2	2	-3.1662	6.00400575700984e-61	49964838	49964838	3.77806353268729e-55	49971732	49971732
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	49974447	56650373	1804	1672	0.0067	3.77806353268729e-55	49971732	49971732	2.41693225401984e-13	56607869	56660235
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	56657371	56680346	13	12	-0.6444	2.41693225401984e-13	56607869	56660235	4.51208006282189e-14	56673183	56686863
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	56681665	56681665	1	0	NA	4.51208006282189e-14	56673183	56686863	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	56685341	114118270	17604	16294	0.008	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	114123340	114123340	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	18446762	34674458	5750	5306	0.0221	NA	NA	NA	4.6589313594805e-15	34666996	34674458
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	34676390	34683810	3	3	1.3527	4.6589313594805e-15	34666996	34674458	1.13425788853756e-15	34683810	34683810
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	34685308	40680589	1896	1748	0.0089	1.13425788853756e-15	34683810	34683810	1.10251510471232e-247	40680589	40680589
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	40687108	40722360	6	5	-4.0877	1.10251510471232e-247	40680589	40680589	1.08600123278826e-247	40722360	40722360
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	40726930	105945006	24069	22284	-0.0038	1.08600123278826e-247	40722360	40722360	4.99258092014201e-20	105923159	105946993
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	105946993	106002179	19	19	-0.6115	4.99258092014201e-20	105923159	105946993	3.00873693234853e-14	105996176	106019719
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106013552	106218059	90	82	-0.0097	3.00873693234853e-14	105996176	106019719	4.48953124952445e-05	106195565	106231012
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106219784	106219784	1	0	NA	4.48953124952445e-05	106195565	106231012	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106221696	106253648	15	13	-0.4258	NA	NA	NA	6.25168138801321e-08	106252126	106269543
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106255190	106255190	1	0	NA	6.25168138801321e-08	106252126	106269543	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106256498	106355517	34	31	0.0872	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106358491	106358491	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	18362555	32456500	3827	3541	-0.0056	NA	NA	NA	1.93283261200513e-42	32454294	32525865
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	32514939	32514939	1	0	NA	1.93283261200513e-42	32454294	32525865	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	32517839	32661846	25	25	-0.7912	NA	NA	NA	9.08847713190233e-45	32580871	32664506
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	32664506	100287000	27468	25438	-0.0042	9.08847713190233e-45	32580871	32664506	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	100298352	100298352	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	33628	34317157	10707	9929	-0.0047	NA	NA	NA	3.85977317969923e-25	34285301	34339543
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	34325501	34602318	52	48	0.4176	3.85977317969923e-25	34285301	34339543	4.10879426508708e-27	34584793	34623136
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	34617260	54352394	2937	2724	-0.0115	4.10879426508708e-27	34584793	34623136	2.09585593590383e-15	54348362	54363713
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	54353978	54379839	10	10	-0.7229	2.09585593590383e-15	54348362	54363713	1.44684442068876e-15	54366535	54399890
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	54390060	54390060	1	0	NA	1.44684442068876e-15	54366535	54399890	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	54399890	68168623	4381	4058	-0.003	NA	NA	NA	9.4750927128399e-08	68163513	68172364
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	68169963	68195241	19	16	0.4047	9.4750927128399e-08	68163513	68172364	2.08780157438725e-07	68188819	68210509
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	68197565	75093957	2416	2278	-0.0079	2.08780157438725e-07	68188819	68210509	5.67709678930445e-13	75092501	75093957
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	75097331	75100865	3	3	1.2334	5.67709678930445e-13	75092501	75093957	1.16056743252141e-14	75100865	75100865
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	75102639	76922411	608	565	-0.0149	1.16056743252141e-14	75100865	75100865	1.87743534513165e-251	76922411	76929598
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	76923844	76925748	2	0	NA	1.87743534513165e-251	76922411	76929598	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	76929598	76940218	8	8	-3.5871	NA	NA	NA	2.75488477463844e-294	76938723	76940218
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	76942679	88690571	4513	4175	-0.0226	2.75488477463844e-294	76938723	76940218	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	47546	41566540	15909	14746	-0.0021	NA	NA	NA	3.38171885098056e-09	41535779	41572001
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	41568539	41652861	39	35	0.3065	3.38171885098056e-09	41535779	41572001	3.98832434420135e-09	41644148	42151941
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	41697532	78653545	13686	12690	-7e-04	3.98832434420135e-09	41644148	42151941	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	4316	4316	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	108760	76116026	22963	21297	-0.0049	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	19	210395	63788698	23059	21301	0.0062	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	12719	1506379	586	545	-0.0535	NA	NA	NA	1.19500453686712e-174	1506379	1506379
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1511632	1531162	9	7	-3.0358	1.19500453686712e-174	1506379	1506379	6.41476976017219e-192	1531162	1531162
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1532433	62419534	20984	19464	-0.0117	6.41476976017219e-192	1531162	1531162	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	9882922	9882922	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	9886732	46922972	13440	12428	-0.0042	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	14513474	22667608	2983	2771	-0.0062	NA	NA	NA	5.99815650498889e-187	22667608	22686731
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22677959	22704683	11	10	-2.7427	5.99815650498889e-187	22667608	22686731	0.051412757039429	22679305	22706166
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22706166	22720195	9	9	-4.0465	0.051412757039429	22679305	22706166	2.52162442978803e-17	22720195	22720195
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22721042	22725305	2	2	-1.3746	2.52162442978803e-17	22720195	22720195	5.61431403251445e-11	22725305	22725305
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22735036	32110063	5042	4659	-0.0098	5.61431403251445e-11	22725305	22725305	5.80313348479915e-28	32110063	32110063
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	32110939	32112051	2	2	-2.1673	5.80313348479915e-28	32110063	32110063	5.82889594056713e-25	32112051	32112051
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	32114341	35472378	1503	1404	-0.0086	5.82889594056713e-25	32112051	32112051	1.65184847352507e-74	35472378	35472378
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	35474894	35476942	2	2	-3.6442	1.65184847352507e-74	35472378	35472378	1.2011562420929e-80	35476942	35476942
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	35478503	49567768	7002	6475	-0.0095	1.2011562420929e-80	35476942	35476942	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	49571068	49571068	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1091	127779	31	30	-0.0246	NA	NA	NA	1.99205256253821e-06	124528	127779
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	129104	130528	3	3	-1.14	1.99205256253821e-06	124528	127779	1.6056890116903e-11	130528	130528
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	132689	1431411	755	700	-0.0306	1.6056890116903e-11	130528	130528	3.52440738078464e-19	1431411	1431411
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1432891	1432953	2	2	-1.7716	3.52440738078464e-19	1431411	1431411	8.36618383442781e-21	1432953	1432953
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1434970	1434970	1	0	NA	8.36618383442781e-21	1432953	1432953	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1435082	2708291	1001	926	-0.0264	NA	NA	NA	0	2708113	2711273
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	2711273	76992219	22938	21176	0.9961	0	2708113	2711273	4.04780862497783e-31	76992219	76992219
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	76998610	76998610	1	0	NA	4.04780862497783e-31	76992219	76992219	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	77008500	77010018	2	2	3.5129	NA	NA	NA	5.05093865380657e-31	77010018	77010018
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	77014050	154582414	22193	20481	1.0084	5.05093865380657e-31	77010018	77010018	0	154578922	154586690
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154586690	154888224	201	181	-0.0268	0	154578922	154586690	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	2710450	3733715	124	114	-4.1087	NA	NA	NA	1.28102782997808e-24	3219200	3772482
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	3772482	5593746	16	16	-0.7821	1.28102782997808e-24	3219200	3772482	1.95625492647740e-14	5531459	6688691
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	5672441	7169915	190	175	-3.676	1.9562549264774e-14	5531459	6688691	2.34485556718996e-07	7047579	7238863
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	7177061	7495687	113	104	-2.6252	2.34485556718996e-07	7047579	7238863	3.77718394574933e-06	7375948	7606496
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	7568006	7719658	73	66	-3.8598	3.77718394574933e-06	7375948	7606496	0.00025520368117836	7688250	7784314
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	7722458	8016395	83	75	-2.8847	0.00025520368117836	7688250	7784314	7.6857508677066e-12	7985612	8057124
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	8036254	8280065	61	58	-4.3194	7.6857508677066e-12	7985612	8057124	0.000190718520057902	8204414	8437780
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	8289709	8956787	194	177	-3.5736	0.000190718520057902	8204414	8437780	9.03472224019567e-09	8917976	8960527
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	8958121	9132086	28	26	-4.9996	9.03472224019567e-09	8917976	8960527	4.71624371176606e-06	9128508	9208277
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	9133230	10513747	83	81	-3.8015	4.71624371176606e-06	9128508	9208277	2.10110583794734e-17	10506718	10535786
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	10515697	12452734	20	18	-1.2018	2.10110583794734e-17	10506718	10535786	5.63033062944231e-16	11673476	12452734
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12502304	12537944	10	9	-4.8302	5.63033062944231e-16	11673476	12452734	8.72536229364299e-09	12537944	12545716
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12541506	12682301	55	53	-1.9937	8.72536229364299e-09	12537944	12545716	5.50737991820993e-08	12649357	12696242
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12687167	12833424	23	21	-3.9349	5.50737991820993e-08	12649357	12696242	1.20893559158492e-07	12804329	12855363
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12839975	13128515	112	107	-2.2842	1.20893559158492e-07	12804329	12855363	7.97899407433698e-42	13109337	13138841
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	13129843	14342834	409	372	-3.9305	7.97899407433698e-42	13109337	13138841	4.09127872611800e-06	14325320	14356069
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14343139	14379418	18	17	-2.5103	4.091278726118e-06	14325320	14356069	0.0110486900942989	14361297	14422395
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14380301	14380301	1	0	NA	0.0110486900942989	14361297	14422395	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14381372	14508021	77	68	-3.6485	NA	NA	NA	1.18574708321155e-16	14503185	14508894
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14508894	14579298	26	23	-1.2069	1.18574708321155e-16	14503185	14508894	6.55084355467428e-16	14572190	14596156
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14581797	16387273	579	535	-3.5883	6.55084355467428e-16	14572190	14596156	0.000149005685880743	16090556	16925062
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	16399608	22139807	938	850	-3.918	0.000149005685880743	16090556	16925062	0.000121585475724252	22043133	22158616
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22157319	22177335	9	9	-1.9742	0.000121585475724252	22043133	22158616	1.40589164767495e-23	22176501	22178964
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22178964	22268552	29	27	-4.7385	1.40589164767495e-23	22176501	22178964	8.95864187407767e-05	22248936	22767553
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22308420	22876519	45	41	-3.8416	8.95864187407767e-05	22248936	22767553	0.0123485556142710	22789287	22894379
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22877495	22877495	1	0	NA	0.012348555614271	22789287	22894379	NA	NA	NA
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22878671	22923722	15	13	-4.7017	NA	NA	NA	1.85886676442047e-64	22923722	22923722
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22924754	26938967	32	28	-1.1718	1.85886676442047e-64	22923722	22923722	3.452474731875e-08	26933862	26965406
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	26941769	27003308	16	14	-2.9954	3.452474731875e-08	26933862	26965406	3.41470618867368e-05	26989053	27031809
MSK_252152912704_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	27006628	57440809	41	37	-1.1009	3.41470618867368e-05	26989053	27031809	NA	NA	NA
