Hybridization REF	chrom	loc.start	loc.end	num.mark	num.informative	seg.mean	pval	l.lcl	l.ucl	r.pval	r.lcl	r.ucl
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	554287	72525842	27888	27086	0.0096	NA	NA	NA	1.69880042605338e-38	72525842	72533804
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72528790	72536231	5	5	-2.7793	1.69880042605338e-38	72525842	72533804	2.39800317260953e-10	72533856	72537426
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72537426	72579311	15	15	1.1248	2.39800317260953e-10	72533856	72537426	2.68030705518161e-18	72557398	72589682
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72589682	146297175	16261	15779	0.0013	2.68030705518161e-18	72557398	72589682	2.68947478621335e-48	146290772	147326097
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	147203277	147847659	39	38	-1.1331	2.68947478621335e-48	146290772	147326097	3.41131415799214e-48	147471665	148081741
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	148081741	150839754	1260	1219	0.0194	3.41131415799214e-48	147471665	148081741	5.22512783144195e-31	150839754	150839754
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	150841957	150847304	5	5	-2.3926	5.22512783144195e-31	150839754	150839754	3.19038857597633e-29	150847304	150847304
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	150848509	157133150	2763	2686	0.0026	3.19038857597633e-29	150847304	150847304	4.12896285200639e-12	157133150	157133150
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	157134796	157136342	2	2	-2.4654	4.12896285200639e-12	157133150	157133150	1.35703826100436e-11	157136342	157136342
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	157138568	247186514	32910	31899	-0.0045	1.35703826100436e-11	157136342	157136342	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	7019	52600588	18732	18146	-0.0065	NA	NA	NA	3.33488246111397e-15	52588009	52612881
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	52604016	52604016	1	0	NA	3.33488246111397e-15	52588009	52612881	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	52612881	52635695	4	4	-2.0147	NA	NA	NA	8.47012882468836e-16	52622353	52635695
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	52639605	242501239	59023	57189	8e-04	8.47012882468836e-16	52622353	52635695	1.16610434840675e-38	242492286	242521765
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	242505261	242689978	67	66	-0.7597	1.16610434840675e-38	242492286	242521765	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	37075	7672473	2652	2568	-0.0014	NA	NA	NA	9.33723935235663e-08	7672473	7672473
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	7674019	7675335	2	2	1.9951	9.33723935235663e-08	7672473	7672473	1.11724609309533e-07	7675335	7679544
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	7679544	32074432	8142	7915	2e-04	1.11724609309533e-07	7675335	7679544	8.35551015121453e-15	32074432	32074432
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	32077962	32080848	2	2	-2.7147	8.35551015121453e-15	32074432	32074432	1.94154857417683e-14	32080848	32080848
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	32094956	47460892	5420	5234	0.0039	1.94154857417683e-14	32080848	32080848	1.55163517902635e-25	47460892	47460892
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	47466423	47466921	2	2	-3.5796	1.55163517902635e-25	47460892	47460892	1.45938676270511e-25	47466921	47466921
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	47469018	99891210	15963	15465	1e-04	1.45938676270511e-25	47466921	47466921	4.39743449933371e-11	99891210	99891210
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	99893658	99897201	2	2	-2.4049	4.39743449933371e-11	99891210	99891210	4.4135777248698e-11	99897201	99897201
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	99900982	163989367	21302	20623	-0.0048	4.4135777248698e-11	99897201	99897201	4.57268210115605e-13	163977334	164042397
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	163992903	164112873	30	28	0.689	4.57268210115605e-13	163977334	164042397	4.36482538952575e-13	164061418	164126256
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	164115417	194358882	10130	9816	0.0028	4.36482538952575e-13	164061418	164126256	7.91429645877957e-53	194358882	194358882
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194360242	194366950	5	5	-3.1823	7.91429645877957e-53	194358882	194358882	3.49829779530673e-48	194366950	194366950
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194368145	199329592	1980	1920	-0.0138	3.49829779530673e-48	194366950	194366950	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	34020	107275274	31152	30201	0.0023	NA	NA	NA	1.94531907199627e-56	107275274	107275274
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	107276428	107283257	5	5	-3.2954	1.94531907199627e-56	107275274	107275274	8.00439591306242e-57	107283257	107283257
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	107284892	186676034	22453	21737	0.0059	8.00439591306242e-57	107283257	107283257	4.7911874616144e-13	186676034	186676034
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	186678729	186680176	2	2	2.5705	4.7911874616144e-13	186676034	186676034	2.42904242053077e-13	186680176	186680176
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	186681553	191153613	1549	1500	-0.0206	2.42904242053077e-13	186680176	186680176	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	79142	180644810	53766	52099	-0.0012	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	99130	99130	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	109360	31385778	11181	10838	0.0046	NA	NA	NA	4.91870165796692e-58	31385778	31385778
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	31387708	31390982	3	3	-4.4019	4.91870165796692e-58	31385778	31385778	1.26922548931527e-52	31390982	31390982
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	31393624	32564884	494	484	-0.0028	1.26922548931527e-52	31390982	31390982	1.07449121754972e-35	32564884	32564884
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32567462	32588005	2	2	-4.429	1.07449121754972e-35	32564884	32564884	2.20936814178557e-13	32588005	32588005
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32590568	32709263	39	39	-0.1466	2.20936814178557e-13	32588005	32588005	0.0112517730922581	32659328	32731072
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32711957	32762061	23	22	-0.8484	0.0112517730922581	32659328	32731072	1.53426799756606e-15	32738443	32771725
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	32766023	165643653	42566	41234	0.0014	1.53426799756606e-15	32738443	32771725	2.61353127879647e-15	165642393	165643653
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165645537	165650610	4	4	1.9795	2.61353127879647e-15	165642393	165643653	2.04542818050082e-15	165650610	165650610
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165653315	170753106	1804	1749	-0.0198	2.04542818050082e-15	165650610	165650610	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	136373	16135701	5388	5230	0.0124	NA	NA	NA	2.82331331064526e-29	16135701	16135701
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	16138579	16140018	2	2	-3.8426	2.82331331064526e-29	16135701	16135701	1.48208804617299e-29	16140018	16140018
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	16141776	64523575	14172	13767	-0.0042	1.48208804617299e-29	16140018	16140018	5.51807241115302e-10	64523575	64523575
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	64532019	64532949	2	2	-2.2922	5.51807241115302e-10	64523575	64523575	1.39626833642599e-09	64532949	64534167
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	64534167	158821263	37131	35935	0.0018	1.39626833642599e-09	64532949	64534167	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	151472	146264846	44566	43158	-1e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	189055	22477358	7837	7587	-3e-04	NA	NA	NA	2.32608984874172e-12	22477358	22477358
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	22486980	22492603	2	2	-2.4688	2.32608984874172e-12	22477358	22477358	1.05458490009316e-11	22492603	22492603
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	22499541	137352394	29000	28084	-0.0069	1.05458490009316e-11	22492603	22492603	3.43155107412827e-17	137352394	137352394
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	137354256	137356880	2	2	-2.9524	3.43155107412827e-17	137352394	137352394	2.57060753787456e-14	137356880	137356880
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	137359947	140145683	1103	1062	-0.0247	2.57060753787456e-14	137356880	137356880	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	126361	135285645	44808	43417	2e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	187649	5742476	2139	2071	-0.0139	NA	NA	NA	1.00828296953295e-09	5733442	5747806
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	5744034	5744034	1	0	NA	1.00828296953295e-09	5733442	5747806	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	5745329	5765438	13	13	-0.8832	NA	NA	NA	6.27450313526314e-10	5760117	5775970
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	5766615	72652347	21628	20945	0.006	6.27450313526314e-10	5760117	5775970	1.44453631197468e-09	72650860	72652347
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	72654089	72655881	2	2	-2.2223	1.44453631197468e-09	72650860	72652347	1.57285529708970e-09	72655881	72655881
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	72657390	84939605	4482	4336	0	1.5728552970897e-09	72655881	72655881	1.59565844229771e-68	84939605	84942392
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	84942392	84950303	5	5	-3.6807	1.59565844229771e-68	84939605	84942392	2.13852819216659e-70	84948577	84950303
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	84951675	84951675	1	0	NA	2.13852819216659e-70	84948577	84950303	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	84961098	134450318	17033	16509	-2e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	33854	11123452	4331	4200	-0.0012	NA	NA	NA	4.39998445180555e-16	11121204	11123452
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11125311	11130871	4	4	-2.0226	4.39998445180555e-16	11121204	11123452	8.37436070995483e-16	11130871	11140421
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	11140421	50516469	12705	12333	0.0027	8.37436070995483e-16	11130871	11140421	6.02779867162955e-09	50514203	50516469
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	50517950	50520020	2	2	-2.1901	6.02779867162955e-09	50514203	50516469	1.00627492950876e-08	50520020	50521923
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	50521923	132289090	28119	27224	0.0083	1.00627492950876e-08	50520020	50521923	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	18194544	36969571	7039	6828	9e-04	NA	NA	NA	2.97650585203749e-22	36969571	36969571
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	36976441	36982877	2	2	-3.3007	2.97650585203749e-22	36969571	36969571	1.80536237164715e-21	36982877	36982877
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	36989091	114123340	24603	23824	6e-04	1.80536237164715e-21	36982877	36982877	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	18446762	106358491	31885	30943	0.002	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	18362555	100298352	31322	30297	-0.0036	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	33628	88690571	25657	24825	-1e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	47546	78653545	29634	28639	0.011	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	4316	44483912	13362	12981	-0.0033	NA	NA	NA	6.40000573939158e-09	44481267	44483912
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	44487546	44493237	4	4	-1.5414	6.40000573939158e-09	44481267	44483912	4.75682533663983e-09	44493237	44495653
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	44495653	76116026	9598	9297	-0.0108	4.75682533663983e-09	44493237	44495653	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	19	210395	63787171	23058	22301	0.0187	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	19	63788698	63788698	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	12719	1506379	586	566	0.0029	NA	NA	NA	5.43185058210833e-37	1506379	1516966
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1511632	1531162	9	9	-2.2423	5.43185058210833e-37	1506379	1516966	1.63445972937946e-44	1523000	1531162
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1532433	62419534	20984	20308	-0.0071	1.63445972937946e-44	1523000	1531162	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	9882922	10167413	22	22	-0.0254	NA	NA	NA	4.64933151924768e-16	10167413	10167413
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	13342486	13435755	2	2	-2.4568	4.64933151924768e-16	10167413	10167413	2.51460101183873e-11	13435755	13435755
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	13562263	46922972	13417	13024	-0.0089	2.51460101183873e-11	13435755	13435755	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	14513474	22667608	2983	2902	-0.0092	NA	NA	NA	2.60137861346889e-65	22644243	22686690
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22677959	22720195	20	20	-1.8731	2.60137861346889e-65	22644243	22686690	4.03210326070539e-71	22713972	22721042
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22721042	49571068	13554	13114	0.0092	4.03210326070539e-71	22713972	22721042	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1091	94062	6	6	0.0261	NA	NA	NA	2.93456576670517e-16	94062	94062
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	95819	104732	7	7	-2.2738	2.93456576670517e-16	94062	94062	2.81742487133164e-42	104732	104732
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	106242	2708291	1780	1734	0.0249	2.81742487133164e-42	104732	104732	0	2706218	2721311
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	2711273	154442377	45102	43692	0.8413	0	2706218	2721311	1.30676467724383e-14	154441943	154442377
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154446801	154450309	4	4	-1.7042	1.30676467724383e-14	154441943	154442377	4.46739334218086e-17	154450309	154456891
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154456891	154570196	26	25	0.7715	4.46739334218086e-17	154450309	154456891	1.52917323928862e-12	154558691	154599547
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154578922	154888224	203	201	-0.0361	1.52917323928862e-12	154558691	154599547	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	2710450	3733715	124	123	-2.9001	NA	NA	NA	2.10092374773320e-09	2973379	3773948
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	3772482	5531459	15	14	-0.7262	2.1009237477332e-09	2973379	3773948	5.2249577305813e-06	4597974	6711090
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	5593746	6953343	119	115	-2.6173	5.2249577305813e-06	4597974	6711090	0.000313034252311899	6878602	7028989
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	6954864	7653082	216	207	-1.9136	0.000313034252311899	6878602	7028989	4.15974883721087e-07	7436876	7734410
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	7655293	10511255	489	467	-2.5716	4.15974883721087e-07	7436876	7734410	6.31040161367911e-08	10473791	10513747
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	10512616	12452734	22	21	-0.7757	6.31040161367911e-08	10473791	10513747	1.68950432633899e-15	11660512	12502304
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12502304	12541506	11	11	-3.2837	1.68950432633899e-15	11660512	12502304	2.47012391321000e-05	12536761	12558585
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12542979	12682301	54	54	-1.4278	2.47012391321e-05	12536761	12558585	0.000338642998150802	12637987	12715696
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12687167	12776542	15	14	-2.9915	0.000338642998150802	12637987	12715696	6.72361838029927e-05	12741404	12833424
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	12786515	13128515	120	116	-1.3888	6.72361838029927e-05	12741404	12833424	2.7382111169986e-30	13109337	13147329
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	13129843	14340202	408	401	-2.9081	2.7382111169986e-30	13109337	13147329	0.000424926315162194	14069173	14411113
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14342834	14508021	97	92	-2.2727	0.000424926315162194	14069173	14411113	0.000246107580004314	14500052	14508021
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14508894	14508894	1	0	NA	0.000246107580004314	14500052	14508021	NA	NA	NA
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14524829	14536962	6	6	-0.0373	NA	NA	NA	5.04051701872116e-09	14536962	14539230
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14538156	14555872	11	11	-1.9348	5.04051701872116e-09	14536962	14539230	0.00876131691924755	14549297	14561228
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14557473	14579298	8	8	-0.9067	0.00876131691924755	14549297	14561228	0.0366369216799331	14569287	14709446
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14581797	15313932	214	208	-2.4013	0.0366369216799331	14569287	14709446	0.00302485140345859	15255162	15340715
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	15315201	15396500	49	49	-3.1986	0.00302485140345859	15255162	15340715	0.000323770587874836	15371826	15455932
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	15396880	16387273	316	307	-2.265	0.000323770587874836	15371826	15455932	1.04402041730909e-07	16218742	16492450
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	16399608	17067188	101	97	-3.2025	1.04402041730909e-07	16218742	16492450	0.00116311993838533	16735178	17435559
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	17073540	22181855	849	823	-2.6157	0.00116311993838533	16735178	17435559	4.24105654562804e-06	22052726	22203194
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22182080	22268552	26	25	-4.0561	4.24105654562804e-06	22052726	22203194	1.08032441353125e-06	22252446	22387293
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22308420	22877495	46	43	-2.6322	1.08032441353125e-06	22252446	22387293	0.0260953244858830	22789287	22911915
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22878671	22924754	16	16	-3.6032	0.026095324485883	22789287	22911915	3.39990043333934e-13	22923722	23283689
MSK_252152919158_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22926726	57440809	88	86	-1.1784	3.39990043333934e-13	22923722	23283689	NA	NA	NA
