Hybridization REF	chrom	loc.start	loc.end	num.mark	num.informative	seg.mean	pval	l.lcl	l.ucl	r.pval	r.lcl	r.ucl
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	554287	34869589	12894	12510	0.0072	NA	NA	NA	7.41323170024015e-46	34869589	34869589
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	34876833	34883375	4	4	-2.6129	7.41323170024015e-46	34869589	34869589	6.67237838409284e-44	34883375	34883375
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	34884849	72537426	14996	14577	0.007	6.67237838409284e-44	34883375	34883375	1.19553065883871e-31	72536231	72541443
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72539143	72579311	14	14	-1.1868	1.19553065883871e-31	72536231	72541443	1.25347897750348e-32	72568009	72589682
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	72589682	78959878	2143	2071	0.0033	1.25347897750348e-32	72568009	72589682	2.83555073062725e-08	78927087	78984419
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	78965932	79098101	31	29	0.428	2.83555073062725e-08	78927087	78984419	2.10084490959965e-07	79026611	79138049
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	79104649	167483267	22264	21629	0.0069	2.10084490959965e-07	79026611	79138049	7.91759687837619e-62	167483267	167483267
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	167493768	167507898	8	8	-2.1927	7.91759687837619e-62	167483267	167483267	4.67764940451504e-62	167507898	167507898
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	167520743	246755298	28668	27849	0.0014	4.67764940451504e-62	167507898	167507898	3.18001989151868e-10	246696599	246822838
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	246769018	246906110	36	35	-0.4411	3.18001989151868e-10	246696599	246822838	9.98990159822097e-09	246858820	246918951
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	1	246907655	247186514	90	86	0.0232	9.98990159822097e-09	246858820	246918951	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	7019	34543992	11522	11184	0.0014	NA	NA	NA	3.94424397672198e-134	34543992	34551222
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	34551222	34589997	18	17	-2.1957	3.94424397672198e-134	34543992	34551222	1.80081691215838e-106	34582272	34589997
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	34591681	35821494	484	469	-0.0034	1.80081691215838e-106	34582272	34589997	1.38947243116482e-11	35821494	35821494
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	35841255	35844884	2	2	-2.0147	1.38947243116482e-11	35821494	35821494	3.23248320243958e-12	35844884	35844884
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	35851593	35851593	1	0	NA	3.23248320243958e-12	35844884	35844884	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	2	35853977	242689978	65800	63904	0.0013	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	37075	99891210	32183	31278	0.0027	NA	NA	NA	1.66252868068859e-08	99882435	99891210
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	99893658	99897201	2	2	-1.7002	1.66252868068859e-08	99882435	99891210	1.2549268328269e-08	99897201	99897201
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	99900982	163992903	21303	20692	0.002	1.2549268328269e-08	99897201	99897201	9.34856598120283e-35	163987457	163997228
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	163997228	164107951	28	26	0.9154	9.34856598120283e-35	163987457	163997228	7.7995432886042e-35	164105613	164112873
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	164112873	194354505	10130	9846	0.0017	7.7995432886042e-35	164105613	164112873	2.57914988066211e-50	194354505	194360242
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194358882	194366950	6	6	-2.2799	2.57914988066211e-50	194354505	194360242	2.65876530609699e-46	194364470	194366950
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	3	194368145	199329592	1980	1916	-0.0264	2.65876530609699e-46	194364470	194366950	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	34020	69075140	18435	17890	0.005	NA	NA	NA	5.50831495882554e-82	69075140	69075140
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	69085386	69165814	12	12	-2.0179	5.50831495882554e-82	69075140	69075140	1.90557284306834e-79	69165814	69165814
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	4	69643272	191153613	36714	35663	8e-04	1.90557284306834e-79	69165814	69165814	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	79142	180342860	53646	52023	0.0019	NA	NA	NA	5.20250860950652e-08	180189516	180346557
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	180344964	180358977	8	8	0.8369	5.20250860950652e-08	180189516	180346557	1.69355399749693e-08	180355807	180364670
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	5	180362342	180644810	112	109	-0.0504	1.69355399749693e-08	180355807	180364670	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	99130	204881	42	40	-0.08	NA	NA	NA	2.12287548754709e-25	198124	211079
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	210326	326323	59	57	-0.8658	2.12287548754709e-25	198124	211079	3.3333202059169e-70	322557	329100
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	327962	79018959	26323	25563	0.0034	3.3333202059169e-70	322557	329100	1.47099552110108e-167	79018959	79024557
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	79024557	79091850	13	12	-2.9145	1.47099552110108e-167	79018959	79024557	6.43728978390501e-164	79085247	79091850
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	79095415	165643653	27872	27048	-0.0029	6.43728978390501e-164	79085247	79091850	1.55522343896791e-10	165642393	165643653
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165645537	165650610	4	4	1.3267	1.55522343896791e-10	165642393	165643653	2.03994195639343e-11	165650610	165653315
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	6	165653315	170753106	1804	1746	-0.0241	2.03994195639343e-11	165650610	165653315	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	7	136373	158821263	56695	55042	5e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	151472	39350798	13074	12707	0.0026	NA	NA	NA	0	39350798	39354149
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	39352361	39505256	59	56	-2.4317	0	39350798	39354149	0	39500219	39505256
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	8	39508035	146264846	31433	30508	0.0034	0	39500219	39505256	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	189055	70926188	13072	12675	0.0011	NA	NA	NA	8.98517261800667e-10	70926188	70926188
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	70928471	70930528	2	2	1.7658	8.98517261800667e-10	70926188	70926188	2.80081909116858e-09	70930528	70930528
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	9	70935055	140145683	24870	24152	-0.0062	2.80081909116858e-09	70930528	70930528	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	126361	27038538	9729	9426	-8e-04	NA	NA	NA	2.83940125908173e-23	27038538	27038538
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	27040181	27041812	2	2	-2.7237	2.83940125908173e-23	27038538	27038538	3.66436281730244e-23	27041812	27041812
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	27043861	77917893	14861	14429	-0.0023	3.66436281730244e-23	27041812	27041812	7.74424852247491e-18	77917893	77917893
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	77926390	77928669	2	2	-2.4023	7.74424852247491e-18	77917893	77917893	1.55239103844976e-17	77928669	77928669
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	10	77928738	135285645	20214	19635	-9e-04	1.55239103844976e-17	77928669	77928669	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	187649	5741031	2138	2076	-0.0168	NA	NA	NA	1.06559850435633e-09	5733442	5745329
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	5742476	5765438	15	13	-0.7093	1.06559850435633e-09	5733442	5745329	8.4587464397116e-10	5762182	5777496
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	5766615	99021938	30284	29393	0.0011	8.4587464397116e-10	5762182	5777496	4.60051331559972e-25	99013072	99027331
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	99025912	99074552	23	23	-0.8286	4.60051331559972e-25	99013072	99027331	2.00137867604402e-25	99064450	99078588
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	11	99076224	134450318	12844	12465	0.0011	2.00137867604402e-25	99064450	99078588	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	12	33854	132289090	45161	43847	5e-04	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	18194544	37953582	7338	7104	3e-04	NA	NA	NA	2.97255137189058e-18	37953582	37953582
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	37955475	37957844	2	2	-2.4302	2.97255137189058e-18	37953582	37953582	9.9902427273347e-19	37957844	37957844
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	13	37959274	114123340	24304	23556	-0.0028	9.9902427273347e-19	37957844	37957844	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	18446762	19490630	58	56	0.409	NA	NA	NA	8.84359774791698e-14	19453177	19551043
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	19492531	79176037	22284	21631	0.0032	8.84359774791698e-14	19453177	19551043	2.33902289178511e-29	79176037	79176037
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	79177462	79180204	2	2	-3.0719	2.33902289178511e-29	79176037	79176037	1.62582875378845e-30	79180204	79180204
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	79183154	79183154	1	0	NA	1.62582875378845e-30	79180204	79180204	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	79185548	105923686	9378	9093	-0.0077	NA	NA	NA	8.94290435343709e-10	105906483	105948347
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	105945006	106015449	22	22	-0.5436	8.94290435343709e-10	105906483	105948347	2.42062895048377e-07	105998412	106032666
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	14	106017453	106358491	140	135	-0.0192	2.42062895048377e-07	105998412	106032666	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	18362555	32514939	3828	3714	-0.0152	NA	NA	NA	2.77524191052002e-12	32448816	32539377
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	32517839	32580871	21	21	-0.6456	2.77524191052002e-12	32448816	32539377	4.46437705928846e-13	32561887	32664506
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	15	32581730	100298352	27473	26682	-0.0047	4.46437705928846e-13	32561887	32664506	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	33628	31862577	10572	10260	0.0063	NA	NA	NA	2.93055236006365e-29	31842335	32513457
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	32379126	33846647	51	51	-0.5942	2.93055236006365e-29	31842335	32513457	3.4790517213474e-29	33647856	34058222
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	33868686	75093957	9900	9611	0.0012	3.4790517213474e-29	33647856	34058222	3.64012546243495e-25	75093957	75093957
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	75097331	75100865	3	3	2.2799	3.64012546243495e-25	75093957	75093957	4.35174488750802e-26	75100865	75100865
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	75102639	76925748	610	594	-0.0097	4.35174488750802e-26	75100865	75100865	9.31225441839982e-23	76923844	76933534
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	76929598	76940218	8	7	-1.4334	9.31225441839982e-23	76923844	76933534	6.69554860297227e-22	76937156	76942679
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	16	76942679	88690571	4513	4386	-0.0106	6.69554860297227e-22	76937156	76942679	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	47546	31457889	12037	11655	-9e-04	NA	NA	NA	2.02222923797341e-07	31431640	31467971
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	31461588	31499568	18	16	-0.5564	2.02222923797341e-07	31431640	31467971	1.53418979885823e-07	31489333	31897238
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	31503774	36673853	1816	1753	-0.0037	1.53418979885823e-07	31489333	31897238	2.91171091714514e-16	36672710	36673853
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	36675987	36683509	5	5	1.4225	2.91171091714514e-16	36672710	36673853	1.05417536173798e-15	36683509	36684619
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	17	36684619	78653545	15758	15308	0.004	1.05417536173798e-15	36683509	36684619	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	18	4316	76116026	22964	22291	-0.0018	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	19	210395	63788698	23059	22398	0.0038	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	12719	1506379	586	569	-0.0059	NA	NA	NA	1.28130434856088e-09	1499034	1515948
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1511632	1532433	10	9	0.8211	1.28130434856088e-09	1499034	1515948	4.90722056736296e-09	1523000	1546858
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	20	1544485	62419534	20983	20355	-0.0046	4.90722056736296e-09	1523000	1546858	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	21	9882922	46922972	13441	13057	-0.0046	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	14513474	14513474	1	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	14866086	22696038	2988	2910	-0.0156	NA	NA	NA	1.87137081282072e-13	22686690	22701123
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22696162	22720195	14	14	0.7792	1.87137081282072e-13	22686690	22701123	3.35348464759705e-13	22715919	22735036
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	22721042	37685496	7762	7535	0.0065	3.35348464759705e-13	22715919	22735036	1.70548184346498e-10	37677210	37691481
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	37689058	37715385	16	15	-0.6633	1.70548184346498e-10	37677210	37691481	8.0854984942855e-10	37706998	37726361
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	22	37718669	49571068	5776	5578	-0.0108	8.0854984942855e-10	37706998	37726361	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	1091	95819	7	6	-0.0894	NA	NA	NA	1.56158330168822e-10	95819	95819
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	98390	104486	5	5	-1.8138	1.56158330168822e-10	95819	95819	4.00220082702653e-29	104486	104486
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	104732	104732	1	0	NA	4.00220082702653e-29	104486	104486	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	106242	2708291	1780	1736	0.0244	NA	NA	NA	0	2706218	2712641
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	2711273	154446801	45103	43754	0.8847	0	2706218	2712641	6.17060394327119e-20	154446801	154446801
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154447839	154450309	3	3	-1.2546	6.17060394327119e-20	154446801	154446801	4.15041700715669e-25	154450309	154450309
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154456891	154578922	27	26	0.9105	4.15041700715669e-25	154450309	154450309	1.30605886894655e-30	154570177	154586690
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	23	154582414	154888224	202	196	0.0182	1.30605886894655e-30	154570177	154586690	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	2710450	3733715	124	122	-1.9752	NA	NA	NA	2.55807656488651e-06	2963612	3772482
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	3772482	5593746	16	16	-0.576	2.55807656488651e-06	2963612	3772482	2.16846925086745e-06	5531459	6737995
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	5672441	6652845	2	0	NA	2.16846925086745e-06	5531459	6737995	NA	NA	NA
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	6688691	6955902	118	115	-1.9305	NA	NA	NA	2.64134890900060e-05	6909375	7027599
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	6956705	7782532	276	265	-1.3704	2.6413489090006e-05	6909375	7027599	1.30104954352301e-05	7686527	7914104
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	7784314	8370019	151	148	-1.9084	1.30104954352301e-05	7686527	7914104	0.00111088529496485	8199414	8498306
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	8378918	8690572	87	85	-1.3613	0.00111088529496485	8199414	8498306	0.000425423489311565	8589035	8823361
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	8692156	10511255	189	184	-1.9106	0.000425423489311565	8589035	8823361	1.23328600360986e-14	10448819	11249952
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	10512616	13129843	223	216	-1.0978	1.23328600360986e-14	10448819	11249952	7.81011795702158e-27	13090512	13153117
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	13133803	14122129	377	363	-2.0133	7.81011795702158e-27	13090512	13153117	1.84918396323307e-07	13999586	14415559
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	14130722	15658114	529	513	-1.6173	1.84918396323307e-07	13999586	14415559	0.000459501366241307	15549637	15716500
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	15661862	15915466	41	40	-2.3228	0.000459501366241307	15549637	15716500	6.32329583619985e-06	15862122	15969469
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	15920478	16224597	133	130	-1.4449	6.32329583619985e-06	15862122	15969469	5.94240986485208e-05	16154076	16586283
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	16228031	22923722	1066	1030	-1.9	5.94240986485208e-05	16154076	16586283	5.18923437327747e-15	22877495	26872527
MSK_252152920010_S01_CGH-v4_10_27Aug08	24	22924754	57440809	89	86	-0.9773	5.18923437327747e-15	22877495	26872527	NA	NA	NA
